2022年、自我覚醒した人工知能スカイネットが地球を支配してから数十年後、レジスタンスは機械との戦いを続けていた。激戦の末、日本のゲリラ兵士であるエイコは、スカイネットの精鋭殺人サイボーグ「ターミネーター」を追い詰める。エイコはその計画の決定的な詳細を引き出し、レジスタンスは彼女を過去へ送り込み、異なる未来を確保することを可能にする。 1997年8月、スカイネットによる核攻撃「審判の日」が迫る中、マルコム・リーは人類のために戦う新たなAIモデル「ココロ」の起動に取り組んでいた。審判の日が近づくにつれ、ココロが自我に目覚める前にマルコムとその子供たちを抹殺するため、ターミネーターが日本に送り込まれる。マルコムは、自らの創造物が誤った方向に進み、スカイネットと同じ結論——人類の絶滅——に至ることを防がねばならない。 [Written by MAL Rewrite]