遠い未来、ヴィオレンジガーという邪悪な存在が、デストロン史上最も恐れられた九人の将軍を復活させた。これらのデストロンによって滅ぼされた惑星の住民を救出中、サイバトロンリーダーのビクトリーセイバーは深刻な損傷を負う。サイバトロン軍の指揮は、英雄的ロボット・ダイアトラスに託された。ソニックボンバーと共に、ダイアトラスは「ゾディアック」と呼ばれる地球の神秘的な結晶がヴィオレンジガーの手に落ちるのを防がねばならない。