「遊☆戯☆王」の王に復讐を誓い、執念を燃やす海馬瀬人は、「もうひとりの遊戯」の魂を宿していた千年パズルの断片を求めて、エジプトでの発掘調査を開始する。しかし、パズルが再構築される直前に、謎の覆面男がそのうちの二片を奪い、姿を消してしまう。一方、高校生活最後の年を迎えた武藤遊戯とその仲間たちは、将来の進路を考えながら平穏な日々を送っていたが、すぐそばに迫る危険には気づいていない。 『遊☆戯☆王 THE DARK SIDE OF DIMENSIONS』は、現実を思うがままに歪めようとする復讐の力がもたらす物語である。海馬と遊戯は、これまでの確執を乗り越え、世界を救うことができるのか？ それとも、海馬自身の欲望が災いするのか？