デュエルモンスターズの世界は、「リンクヴレインズ」と呼ばれるネットワークと、新たな召喚法「リンク召喚」の登場により、再び進化を遂げようとしていた。この電脳空間を利用することで、デュエリストたちは自身のアバターを作り上げ、仮想現実の中で栄光を目指してデュエルを繰り広げられるようになった。 しかし、現実世界と同様に、デジタルな世界もまた戦争や争い、謎から自由ではなかった。数年前、ハノイの騎士と名乗るハッカー組織がリンクヴレインズを襲撃。匿名のリボルバーに率いられた彼らの目的は、人工知能プログラム「サイバース」の殲滅だった。その攻撃は失敗に終わるが、標的の一つであるイグニスは辛くも逃れ、サイバースをネットワークのどこかに隠したのだった。 それから五年後、高校生の藤木遊作はリンクヴレインズでデュエル中、奇妙な人工知能プログラムと出会う。遊作は「Playmaker」の名を冠したアバターとなり、相棒の草薙翔一と共に、この不可思議な存在と手を組むことを決意する。過去に起きた謎の事件の真相を追い求めながら、遊作は世界の命運を変えかねない競争の中で、ハノイの騎士とSOLテクノロジーとの戦いに身を投じていく。