拡大を続けるデュエルモンスターズの世界では、デュエリストの技が洗練され、ランクが上がるにつれて、対決はますます複雑になっている。厳格なルールに従い、確立された戦術を学び、使いこなすことで、強いデュエリストへと成長できる。しかし、発明を愛し、新たな可能性を探求することに熱心な小学生・王道遊我にとって、現在のデュエルの形は硬直的で退屈──つまり、つまらない。 そこで彼は、自らの画期的な新発明「ラッシュデュエル」によって、まったく新しいデュエルの道を切り拓くことを決意する。彼の壮大な志はすぐに、同じ小学生である上城龍久の注目を集め、龍久は彼を神秘の地へと導き、新システムの可能性を共に探ろうとする。 遊我がラッシュデュエルを新たなデュエルの標準として普及させ、ゲームの伝統を覆そうと志すとき、彼は最終目標に向けて決定的な一歩を踏み出す──デュエルをもう一度、熱く燃え上がらせるために。