宮水三葉は、田舎町での現実とは対照的に、東京の賑やかな街で少年として生きることを夢見る女子高生。一方、都会では立花瀧が、アルバイトをこなしながら建築の未来を志す多忙な高校生活を送っていた。 ある日、三葉は見知らぬ部屋で目覚め、突然、東京での夢のような生活を送っていることに気づく――しかし、それは瀧の体の中だった。別の場所では、瀧自身が田舎での三葉の質素な生活を体験していた。この不可思議な現象の答えを求めて、二人は互いを探し始める。 「君の名は。」は、運命と状況によって織りなされる絆の中で、互いの生活に劇的な影響を与え始める三葉と瀧の行動を中心に描かれる。
小学生の頃、石田将也は退屈しのぎに残酷ないたずらを繰り返す腕白な少年だった。聴覚障害を持つ西宮硝子が彼のクラスに転校してきたとき、将也とクラスメイトたちは深く考えもせず、彼女をからかって楽しんだ。しかし、硝子の母親が学校に連絡したことで、将也は彼女に対するすべてのいじめの責任を一身に負わされる。硝子が転校した後、将也はクラスメイトたちから容赦ない孤立を受け、教師たちも見て見ぬふりをした。そのいじめは小学校から中学校まで続いた。 高校三年生になった今も、将也は幼い頃の過ちに苦しめられている。過去の行いを心から後悔した彼は、硝子と再会し、償いを果たすための旅に出る。 『聲の形』は、過去の影に絶えず苛まれながらも、硝子との再会を果たし、自らの贖罪に誠実に向き合う将也の心温まる物語を描く。