「妖怪ウォッチJam 妖怪学園Y ～Nとの遭遇～」は、舞台を全寮制の名門校・Y学園に移した、まったく新しい妖怪ウォッチの物語。主人公の景太たちは、突如現れた謎の転校生「N」と、彼がもたらす「アンノウン」と呼ばれる新たな脅威に立ち向かう。学園を舞台に繰り広げられる、友情と冒険、そして驚きの真実に満ちたバトルが今、始まる。