半妖の双子、永遠とせつなは、戦国時代の日本でいつも一緒に幸せに暮らしていた。しかし、森の大火事が二人を引き裂き、永遠は時空のトンネルに巻き込まれ、現代日本へと放り出されてしまう。彼女は日暮草太に発見され、娘として育てられることに――永遠は、もはや元の時代には戻れないと悟ったからだ。 十年後、十四歳になった永遠は、現代生活に適応した学生となっていたが、しばしば争いに巻き込まれる日々を送っていた。そこへ、戦国時代から三人の訪問者が突然現れる：賞金稼ぎの諸刃、妖怪退治師のせつな（永遠と離れ離れになった双子の姉妹）、そして謎の宝物を追う三つ目の妖女・もろは。三人が力を合わせて敵を倒した後、永遠は衝撃の事実を知る――せつなが自分に関する記憶を完全に失っていたのだ。『半妖の夜叉姫 -戦国御伽草子-』は、せつなの記憶を取り戻すため、そして絡み合う運命の真実を解き明かすため、旅に出る三人の少女の物語を描く。