邪悪な機械狂博士は強大な機械兵団を駆使して美しく平和な惑星王国を占領し、善良な人々を彼の奴隷に変えてしまった。ソニックが敬愛するチャックおじさんさえも、不幸にもロボットにされてしまった。ソニックはおじさんが残した機械を利用して自らを「ソニック・ザ・ヘッジホッグ」へと改造する……。