突如として起こった謎の爆発により、X-マンションが崩壊し、X教授とジーン・グレイが行方不明となる。この事件でサイクロプスは意気消沈し、リーダーの責務は野性的なウルヴァリンに託される。マグニートーら強力な敵に加え、ウルヴァリン自身の過去も幽霊のように彼を苦しめる。20年後、昏睡から目覚めたX教授が目にしたのは、巨大ロボットが世界を支配し、人類とミュータントが絶滅の危機に瀕する終末の光景だった。X教授は脳波増幅器を使い、現代のX-メンに指示を送る――未来を変え、世界を救え！ 事件の裏に隠された真実とは？ 突然現れたエマ・フロストの目的は？ ウルヴァリンはX-メンを率いて、危機を救えるのか？