東京・国立高度医療学園に通う医学生、水原怜人は、細胞硬化症という致死性の希少疾患に感染してしまう。治療のため、彼は5年間の冷凍睡眠に就く。目覚めた彼が知ったのは、眠りについてから1年後に発生した世界的パンデミックの現実だった。新型の男性殺し（MK）ウイルスは男性のみに感染し、地球上の他のすべての男性を死に至らしめた。 幸い、怜人と他の4人の男性は冷凍睡眠中だったため難を逃れ、ウイルスへの免疫を獲得していた。世界に残された最後の男性たちとして、彼らは惑星の人口を回復させるため、できるだけ多くの女性と交配する任務を負わされる。しかし、怜人は幼なじみで唯一の恋人である橘エリサへの想いを貫く決意をしていた――ところが、彼女が3年前に行方不明になったことを知る。他の生存者たちがこの新世界に順応する中、怜人はエリサを追い求め、絶え間ない誘惑と戦い、この謎のウイルスの調査に乗り出す。