地球とコロニーの戦いは終結した。五飛を除き、ヒイロたちはガンダムを太陽に廃棄する決意を固める。しかし統一された地球圏は再び人類の欲望に飲み込まれ、戦乱が再燃する。A.C.196年、リリーナはマリーメイア軍に拉致されると同時に、新造コロニーX18999から地球への宣戦布告がなされる。ヒイロたちは太陽に捨てたはずのガンダムを再び取り戻し、戦いに身を投じる。