サトシたちはヒカリがポケモンコンテストに出場するために訪れたミオシティで、熱気球を操る女性アリス、その幼なじみトニオ、そしてバロン・アルバートと出会う。バロン・アルバートは、町の庭園に隠れ住む幻のポケモン・ダークライが最近の町の破壊の原因だと決めつけ、討伐を企てていた。 しかしトニオは違う考えを持っていた。彼はミオシティ上空に異常な衝撃波を検知し、それは時間を司る伝説のポケモン・ディアルガと、空間を司るパルキアが次元の狭間で激闘を繰り広げているためだと突き止める。ダークライの攻撃は、実はそれらを町から遠ざけるためのものだった。二大神の争いが激化するにつれ、ついにミオシティの名所「時空の塔」の上空に空間の裂け目が生じ、戦場はミオシティへと移ってしまう。サトシたちはこの危機をどう食い止めるのか？そしてダークライへの誤解はどう解けるのか？激しい時空を超えた対決が今、始まろうとしている！