ある日、毛利小五郎の探偵事務所に脅迫電話がかかってくる。それは間違い電話だったのだが、コナンは電話の主の声を聞き覚えがあった。それは大阪の高校生探偵で旧友の服部平次に似ている。二人は再び力を合わせ、盗まれた宝石を探し出すため事件の解決に乗り出す。 しかし、その宝石を狙っているのは彼らだけではなかった。怪盗キッドもこの1億円の価値がある宝石に目をつけていた。今や平次とコナンは、真犯人をいち早く見つけ出し、宝石を手に入れるために競争することになる。