ヨーロッパのヴィスタリア王国で、ヴィスタリア女王サクラは狩猟中に猟銃の暴発事故により不幸にも亡くなり、王子ジルは母親が自分の猟銃の暴発で亡くなったことを過度に責め、拳銃で自らの命を絶った。この悲劇のニュースは瞬く間に広まり、各国の報道界を騒がせ、探偵・江戸川コナンと世紀の大盗・ルパン三世の耳にも届く…… サクラ女王とジル王子の不可解な死により、ヴィスタリアの王女・ミラが王位を継承し次期女王となることになったが、彼女は依然としてこれらの残酷な現実を受け入れられずにいた。ミラ王女が母に代わって日本を訪問した際、彼女と瓜二つの容貌を持つ毛利蘭と出会う。ミラは自由に遊びたいと願い、蘭も王女体験をしてみたいと思い、二人は衣装を交換する。しかし、キース伯爵はミラ王女失踪の公表をせず、蘭をヴィスタリア王国へ連れ帰り、コナンも密かに蘭に同行して飛行機に乗り込む……その時、ルパン三世は戴冠式で使用される予定の「女王の王冠」を狙っていた。 この悲劇の裏には一体どんな秘密が隠されているのか？ 真の黒幕は誰なのか？ 「平成のホームズ、日本警察の救世主」工藤新一（江戸川コナン）対「世紀の大盗」ルパン三世！ 勝利の行方はいずれへ？