アストラギウス銀河百年戦争末期、メルキア軍兵士キリコ・キュービィが転属した部隊は、突然味方の秘密基地を襲撃した。事情を知らないキリコは、偶然にも特殊保存装置の中に横たわる一人の女性を目撃する。しかしキリコは仲間に裏切られ、メルキア軍に逮捕されてしまう。自らの勇気と胆力で、キリコはメルキア軍の刑務所から脱出する。その後、流浪の身となったキリコは、自らの出生の謎を解き明かすため、自分を裏切った黒幕と愛する人を探す戦いを繰り広げる……