天才的な科学・数学的知性を持つ神父・平賀・ヨゼフ・クウと、言語学・古典の博学者である神父・ロベルト・ニコラスは、世界中から報告される奇跡現象の真偽を調査する「バチカン奇跡調査官」である。一見神聖なる事件の裏には、隠された陰謀、不可解な殺人、悪魔崇拝といった恐怖が潜んでいた。善と悪の戦いの中で、ふたりは協力して真実を解き明かしていく。真の奇跡を求める旅路で、彼らの友情と信仰は、悪に耐えうるものなのか？