意識を取り戻した古川ゆいは、現在が7月13日であることに気づく――これまで経験したことのない出発点だ。しかし、見知らぬ状況にもかかわらず、彼女はこの夏休みを天文部の仲間たちと、花宮渚の実家の別荘で過ごすことを決意する。その家と周辺地域には深い歴史があった。有名な科学者であり、渚の曾祖母が、近隣の軍需工場で技術の研究開発を行っていたのだ。 天文部が海水浴を楽しんでいると、突然の嵐が計画を中断させる。やむなく一行は廃工場に避難し、やがて隠された地下バンカーへと探索を進める。そこで彼らが目にしたものは、失われた未来への未曽有の繋がりを明らかにするかもしれない。