人類に起こった、世界的な大量消失事件。レナとシンジローも同時に消えてしまう。そんな中、フリーの記者・東光太郎は、この不可解な「消失事件」を追う。 その裏にいる宇宙人は、テロ組織ダークスター。彼らは地球の人々にメッセージを送る。「地球の半分をよこすか、それとも人類の半分を犠牲にするか…選べ」と。一方、先ほど消えたレナとシンジローは、地球を周回するダークスターの母艦に転送されていた。 真相を知りすぎた光太郎は、ダークスターと科学特捜隊の戦いに巻き込まれ、瀕死の重傷を負う….。最終決戦で英雄たちが立ち向かうのは、黄金の要塞。街を破壊する巨大メカに対し、ウルトラマン、セブン、タローのもとにゾフィー、ジャック、エースが加わる。ついに6人のウルトラマン英雄が集結した！