夏休みの最後の夜、学校のプールにこっそり忍び込んだ浅羽直之は、手首に銀色の球体が埋め込まれた不思議な少女・伊里野加奈と出会う。 　　新学期、伊里野は浅羽のクラスに転校してきた。 　　人付き合いが苦手な伊里野だが、浅羽の前だけは心を開く。学校生活の中で、二人の距離は次第に縮まっていく。しかし、頻繁に校内放送で名前を呼ばれるたび、不可解な「反応」が彼女に現れる…。 　　その度に現れる黒服の男・木夏本が、伊里野を窮地から救う。もしかすると伊里野には、逃れられない宿命や重大な任務が課せられているのだろうか…！？ 　　やがて、軍事基地要塞都市「園原」と新聞部が追い求める未確認飛行物体UFO騒動の真相が、特殊戦闘機「ブラックバレットシールド」とそのパイロット、そして護衛部隊の存在を通じて明らかになっていく…。 　　伊里野と浅羽を苦しめる「UFOの夏」は、今まさに始まろうとしていた…。