物語は、アラタがリリスの魔道書〈グリモア〉「ヘルメス・アポクリファ」に触れた瞬間から始まる。突然、まばゆい白光に包まれた彼の前に現れたのは、自らをリリムと名乗り、アラタとリリスを両親と呼ぶ少女だった。彼女が現れた同時刻、世界に異変が起こる。禁断の〈悠久図書館〉が覚醒。その図書館に封印されていたのは、錬金術の究極到達点たる白の魔王。白の魔王は、魔王の座を簒奪すべく、アラタとトリニティセブンの殲滅を企てる。膨大な力を振るう白の魔王の猛攻に、アラタとトリニティセブンは世界を救う最後の決戦に挑む。