第二シリーズは、第二作のビデオゲームの出来事を追い、失われた大陸ムーに焦点を当てる。古代文明は遥か昔に消滅し、その痕跡のいくつかは未確認生命体「UMA」として神話や伝説に残っている。UMAは、ムーを復活させる力を与える強力なオーパーツ、ムーの秘宝を探すため、人間との融合を始める。スバルとウォーロックがいくつかの異質な敵と遭遇した後、彼らはオリヒメ博士という教授と出会い、オーパーツを見つけてUMAを阻止する使命を与えられる。オーパーツを使うことで、ロックマンは新たな形態、すなわち「サンダーバーサーク」「ファイアダイナソー」「グリーンシノビ」を取ることができるようになる。