アンテイクへのCCGによる捜査から2年が経過した。CCGの影響力拡大により東京の空気は一変したが、特に警戒を強める喰種たち、なかでもCCGの存在を脅威と認めるテロ組織「アオギリの樹」は、依然として問題であり続けている。 クインクス班と呼ばれる特殊チームの結成は、CCGが東京の不浄なる住民を駆逐するために必要な後押しとなるかもしれない。喰種の特殊能力を利用するための手術を受けた人間たちである彼らは、危険な存在を根絶する作戦に参加する。そのリーダーである佐々木琲世は、半喰種でありながら、特等捜査官の有馬貴将によって鍛え上げられた。しかし、この青年には見た目以上の秘密があった。未知の記憶が彼の精神を掻きむしり、ゆっくりと彼がかつて誰であったかを思い出させようとしていた。