早瀬マリは、3年前に忽然と姿を消した科学者・永司の娘。父が残した「アーミラリ・コンパス」と呼ばれるペンダントを手にしていた。ある日、不思議な本と出会った後、コンパスが輝きだし、マリは過去へと飛ばされてしまう。親友の水城ワカとその兄・瞬に支えられながら、マリは行方不明の父を求めて時を旅する。その道中で、磁石と電気に関する人々の考え方を変えた偉大な科学者たちと出会っていく。