幼い頃に母を突然の謎の死で亡くして以来、心を閉ざしてきた羽賀真生。科学者の父は研究に没頭し、頼れるのは父の雇い主の娘で、人望厚く優しい幼なじみ・和泉ことりのみだった。高校三年生の終わり、卒業を間近に控えた二人は、ようやく人生も恋愛も共に歩み始めようとしていた。 そんな中、真生の父もまた突然この世を去る。だが事態が収束する間もなく、二人は並行世界に存在するハイテク・ディストピア日本のエージェントと遭遇し、両親の突然の死の秘密を知る。その中には、ヒューマノイド兵器ミコとニコと対峙する真生の「相対自我」・ジンもいた。相対自我の命は繋がっているため、ジンには二つの目的がある。一つは、両者の命を守るために無力な真生を護ること。もう一つは、宿敵であり両親の仇である彼女の相対自我・コトコ姫の鉄壁の支配を終わらせるため、ことりを暗殺すること。新たな現実に直面し、真生とことりは、たとえ明日世界が終わるとしても、互いへの想いを正直に見つめ合わなければならない。