孤島にひっそりと佇む研究施設で、天才プログラマー・真賀田四季は長年にわたり世捨て人として暮らしてきた。彼女はめったに客に会わないが、准教授の犀川創平と大学生の西之園萌絵はなおも彼女を訪ねる。しかし、彼らの対面は、密室殺人の謎に巻き込まれたことで中断されてしまう。 全ては見かけ通りではなく、多くの秘密が隠されている。孤立した施設の中で、一見不可能な猟奇的な犯罪が発生し、犀川と萌絵は殺害の真相と、真賀田の覆い隠された過去を解き明かさなければならない。