普通の小学３年生、高町なのはは、家族や友達を何よりも大切に思う女の子。ある日、ケガをしたフェレットの不思議な夢を見た後、現実世界で全く同じフェレットを発見し、保護する。そのフェレットの正体は、ユーノ・スクライアという異世界の魔導師で、宇宙に重大な被害をもたらす前に散らばった21個のジュエルシードを回収しようとしていた。ユーノだけでは力が足りず、なのはに知性デバイス「レイジングハート」を授け、魔導師としての訓練を始める。 しかし、強大な力を持つジュエルシードは、悪意ある者たちをも引き寄せてしまう。もう一人の魔導師、フェイト・テスタロッサは、何か未知の邪悪な目的のために、必死にシードを集めようとする。だが、彼女の瞳に宿る厳かな表情から、なのははフェイトに単なる敵以上の何かを感じ取る。『魔法少女リリカルなのは The MOVIE 1st』は、原作シリーズを再構成した作品で、二人の幼き魔導師の物語と、彼女たちの強い想いが行動を形作っていく過程を描く。