「真の魔法」が、単なる民間伝承や伝説と思われていたものが、世界的に普及した技術となってから一世紀が経過した。日本の九つの魔法学園の一つ、国立魔法大学付属第一高校（通称・第一高校）は、優秀な兄妹、司波深雪と司波達也を迎え入れる。第一高校は入学試験の成績に基づき、生徒を「一科生」と「二科生」の二つのコースに分ける。この制度は、一科生が自らを「花（ブルーム）」と呼び、二科生を「雑草（ウィード）」と蔑称で呼ぶことによる、二科生への明らかな軽蔑を生み出していた。 達也は二科生として、妹の深雪は優等生として一科生に配属される。深雪は、兄が無能とレッテルを貼られていようとも、彼が世界最高峰の魔法師の一人であることを第一高校に示したいと願う。 『魔法科高校の優等生』は、『魔法科高校の劣等生』の物語を、深雪をはじめとする女性キャラクターたちの視点から再び描く。