「4時44分の儀式」という都市伝説がある。それは4時44分ちょうどに、晶結の神樹の前でラジオプレイヤーを使って特定の周波数を出すと、異次元へと飛ばされるというものだ。 土宮明日架とその友人たち――七瀬奈々、ミア・シルバーストーン、塔花ゆう、森須こりえ――は、鉱石ラジオ研究会の活動としてこの儀式を実行することにした。そして、儀式が実際に機能した瞬間、彼女たちは衝撃を受ける。5人は断片と呼ばれるパラレルワールドへと飛ばされ、そこで不気味なほど見覚えのある少女――明日架のパラレルワールドにおけるもう一人の自分と出会う。この明日架は、真面目な態度と戦闘能力から「マジメカ」と呼ばれていた。 マジメカは、すべてのパラレルワールドを脅かす大きな危機「黄昏」について語る。黄昏が並行世界からすべての可能性を奪い去るなか、マジメカは多元宇宙への侵攻を止めるため、黄昏の黒幕である黄昏王の死を求めていた。 『あかねさす少女』は、黄昏王を探し求める一方で、本当の自分自身を受け入れることを学んでいく5人の少女たちを描く。しかし、侵食する黄昏への解決策は、彼女たちが考えているよりもずっと近くにあるのかもしれない。