馴染み深くも異なる世界。内気な読書家でゲーマーの長門有希は、北高校文芸部の部長を務めている。小心者の朝倉涼子と、ごく普通のキョンのみが部員だ。しかし有希は、特に片思いの相手であるキョンと過ごす、彼らとの平穏な時間を楽しんでいた。そこに、正反対の性格を持つ友人・鶴屋と朝比奈みくるが頻繁に顔を出すようになる。 12月の寒い日、アパートへ帰る途中の有希は、サンタクロースを捕まえようとしているという少女に、地面に奇妙な記号を描かされる。その少女・涼宮ハルヒは、超名門校・光陽園学院に通う、宇宙人やタイムトラベラー、超能力者を探すという風変わりな生徒だった。ハルヒとその友人・古泉一樹が突然部室に現れ、自らを文芸部の正式部員と宣言。ハルヒは執行部長として居座り始める。 文芸部の穏やかな日々は終わりを告げ、有希と仲間たちはハルヒの主導による騒動に巻き込まれていく。そして、それぞれの事件を通して、有希とキョンの距離は少しずつ縮まっていくのだった。