人類とフェストゥムの戦局は、より複雑化し続けている。 「第五次蒼穹作戦」は、奪われた同胞を取り戻すためのものだった。人型兵器ファフナーを駆る真壁一騎たち龍宮島部隊は、フェストゥムと激しい戦闘を繰り広げる。 「誰かの生存のために誰かが犠牲になる。そんな世界を捨てて生きよう」「お前を、あるべき場所に帰す」 奪われたものは、龍宮島の人々にとってかけがえのない存在だった。しかし、拮抗する相手にとっても同じこと。そして、人間たちにとっても……。 終わりの見えない、戦いが続く世界。そして、ここに新たな物語が始まる――