『テラフォーマーズ リベンジ』では、アネックス1号の乗組員たちが、何世紀も前に火星に送られたゴキブリが進化した巨大なヒューマノイド、テラフォーマーズとの戦いを続けている。しかし、地球を脅かす致死性のエイリアン・エンジン・ウイルスの治療法を見つけるどころか、アネックス1号チームは、一部の部隊が自国の思惑を持っていることを知る。今や部隊は、生存をかけてテラフォーマーズと戦うだけでなく、終わりなき国際主導権争いの中で互いに戦わなければならない。