立花響はこれまで数々の強敵を打ち倒し、無数の無辜の命を救い、絶体絶命の危機から幾度も脱してきた。しかし今、彼女はこれまでにない窮地に立たされていた――夏休みの宿題だ！高校生活は平凡であっても、軍事組織S.O.N.G.の一員としての彼女のキャリアはまったく別物である。古代の強力な鎧「聖詠」を纏い、響は仲間たちと共に国際紛争や災害に対処するため国連と協力している。 本部での任務ブリーフィングで、響は「バヴァリア光明結社」という謎の組織について知らされる。この組織は過去に大規模な災害を引き起こし、現在は戦火に包まれたヴァルヴェルデ国で活動中だ。響とチームはバヴァリア光明結社の製造工場に潜入し、数百人の奴隷を解放する。しかし、その行跡は露見し、錬金術師のサンジェルマン、カリオストロ、プレラーティが組織の上層部として現れる。彼らは錬金術の力を使い、数千人の命を犠牲にして、世界革命を宣言する。世界の存亡を脅かすこの新たな脅威に立ち向かうため、響と盟友たちはバヴァリア光明結社と戦い、これまでで最も困難で破滅的な戦いに身を投じなければならない。