宮藤芳佳は、異形の生命体・ネウロイを撃退する防衛部隊「第501統合戦闘航空団」に加わる。しかし、侵攻のない日々には、彼女と部隊の面々は、炊事や洗濯といった日常の任務に追われるのであった。