ガミラスは未曾有の危機に直面していた：彼らの惑星は驚異的な速度で死へと向かっていた。種族を救い、居住可能な地を求めて、アベルト・デスラーは圧政的な支配を敷くガルマン星――ガミラス人とほぼ同源の種族が住む惑星――への服従を偽装した。デスラーの真の目的は支配権を奪取し、民族の救済を加速させることにあった。しかし、ガミラス人が移住を始めた時、正体不明の巨大な力が彼らを襲撃し、彼らの姉妹惑星――イスカンダル、すなわちサーシャ女王の故郷――を完全に歪めてしまった。 一方、地球では伝説の宇宙戦艦ヤマトとその勇敢な乗組員たちの輝かしい功績を祝っていた。前途有望な新兵たちが、森雪と真田志郎率いるヤマトとその2隻の新型支援艦に加わった。しかし、艦長・古代守の過去の決断を全ての者が認めているわけではなかった。ヤマトの6ヶ月にわたる訓練任務およびガミラスとの外交会談の期間中、乗組員たちはこの突然の災厄を知ることとなる。古代守はあらゆる命令に背き、艦隊を率いてイスカンダルへ向かい、生き残った亡命者たちを援助する。