トルコのアララト山脈の深部で、秘密組織アーカムはノアの箱舟と思われるものを発見した。しかし、ペンタゴンの暴走組織であるアメリカ機械化部隊は、世界制覇の手段として箱舟の占拠を画策する。彼らの野望を阻むのは、アーカムの特殊工作員「スプリガン」のみである。日本のスプリガン・御神苗優は、フランスのスプリガン・ジャン＝ジャック・モンドと協力し、遺伝子改造により強大な超能力を持つ少年・マクドゥガル大佐率いるアメリカ機械化部隊の隊員たちと戦う。しかし、マクドゥガルが箱舟を自身の目的に利用する前に、迅速に行動を起こさなければならない。