かつて人類は、強大化し凶暴化した巨大な魔甲虫によって、滅亡の危機に瀕した。そのため人々は地上を離れ、浮遊都市に住むことを余儀なくされている。しかし、すべてが失われたわけではない。名門浮遊魔法学院の魔導士たちが、今もこれらの怪物たちと戦い続けているのだ。 かつて「黒の剣聖」と称えられながら、今は裏切り者の烙印を押された少年、カナタ・エイジ。彼は、問題を抱えるE601小隊の教官となることで、名誉挽回の機会を得る。E601小隊は、それぞれに問題を抱える三人の少女――ミソラ・ホワイトテイル、レクティ・アイゼナッハ、リコ・フラメル――で構成されていた。カナタは彼女たちのために、何度も窮地に立たされることになるが……。