謎の存在が突如東京の中心に現れた時、アルタ・ミラ機関は地球外の脅威を撃退する任務を負わされた。船貝オツヤは、全て女性で構成された「バトルソウル」パイロット部隊を指揮し、どんな犠牲を払ってもこの奇怪な存在を倒さねばならない。しかし、パイロットの一人、市川リンとの親密な関係が、チームと任務そのものにとって災いとなるかもしれない。 [Written by MAL Rewrite]