「マスクドデーモン」と呼ばれる帝国主義的な犯罪組織による無慈悲な襲撃を受け、幕府に忠誠を尽くす京都の治安維持部隊・新選組八番隊は壊滅状態に陥る。唯一の生存者である藤堂平助は瀕死の重傷を負うが、地元の藩主・松平容保から新選組再建を命じられ、八人の囚人に贖罪の機会を与えることを決意する。彼らは旧名を捨て、新選組八人の隊長の代役となることを条件に釈放される。そのうちの一人を除く全員がこれを受け入れるが、拒否した者は元暗殺者・咲耶によって即座に処刑される。 しかし、藤堂は更生した七人の犯罪者たちを忠実な部下へと変えることに苦戦する。特に、家族をマスクドデーモンに殺された復讐心に燃える衝動的な一番星は、規律を重んじないその性格から、藤堂の戦略の成功を脅かす存在となる。藤堂が幕府を守り、帝国主義者や外国の侵略者と戦うことを誓う中、桂小五郎率いる一派をはじめとする他の勢力も、江戸時代の黄昏に権力を掌握すべく、それぞれの計画を動かし始める。