コズミック・イヤー0071年、二機のモビルスーツによる戦闘は、中立国を消滅させる結果を招いた。シン・アスカは、この戦禍によって家族をすべて失い、家族の死の原因は地球のナチュラル勢力にあると思い込み、復讐の人生を誓う。シンはザフト軍で着実に階級を上げ、ついには試作機インパルスのコクピットを得る。 一方、前大戦の退役兵であるアスラン・ザラは、外交官カガリ・ユラ・アスハに仕えながら、ナチュラルと、出生前に人工的に強化され、その生物学的優位性からナチュラルに憎まれるコーディネーターとの新たな紛争に巻き込まれていく。 新たな戦争が勃発し、暴力が不可避となる中、アスランは憎悪に満ちたシンの指導的立場に置かれる。アスランは、若きパイロットが怒りと復讐心に飲み込まれる前に、慈悲の心へと導かねばならない。 [Written by MAL Rewrite]