SEEDとは、Superior Evolutionary Element Destined-factor、すなわち「高度進化要素遺伝因子」の略称である。 C.E.70年、「血のバレンタイン」の悲劇をきっかけに、地球連合軍とP.L.A.N.T.の間で約一年にわたる戦争が勃発した。主人公キラ・ヤマトが暮らすコロニー「ヘリオポリス」は、幼なじみのアスラン・ザラが所属するZ.A.F.T.特殊部隊の襲撃を受け、二人の再会が物語の始まりとなる。 P.L.A.N.T.は「血のバレンタイン」後に開始した独立戦争において、まず「ニュートロンジャマー」を地上に散布して地球のエネルギー危機を引き起こし、続いて新型兵器MSで赤道付近の質量投射器を次々と制圧。地球連合軍を地上に封じ込め、二度とP.L.A.N.T.を脅かせないようにする戦略を採った。この状況が神話で自らの尾を喰らう大蛇に似ていることから、作戦名は「オロボロス作戦」と命名された。開戦当初、誰もが連合軍が圧倒的な兵力と資源で短期決戦を制すると考えていたが、戦争は11ヶ月にわたり膠着。むしろ連合軍にとって不利な状況が進行した。その主因の一つが、Z.A.F.T.の新型兵器MSに対して有効な対策を持たなかったことである。 戦争後期、オロボロス作戦の最終目標は、地球連合軍が残す唯一の質量投射器があるパナマ宇宙港とされていた。しかし、P.L.A.N.T.最高評議会の議長が、穏健派のシーゲル・クラインから強硬派のパトリック・ザラに代わったことで、目標は連合軍のアラスカ本部「JOSH-A」へと変更された。JOSH-Aの攻略には成功したものの、Z.A.F.T.は伏兵に遭い、過半数の兵力を失う。その後、Z.A.F.T.は少数兵力でパナマを強行制圧するが、MS部隊を編成した連合軍に質量投射器を奪還され、宇宙への再進出を許してしまう。 宇宙に戻った連合軍は核兵器でP.L.A.N.T.の前線要塞「ボアズ」を陥落させ、いよいよP.L.A.N.T.本国への直接攻撃を迫る。一方、Z.A.F.T.も最後の宙域「ヤキン・ドゥーエ」に残存兵力を投入し、防衛戦を展開。この最終決戦の行方は……。