西暦2017年、天才科学者たちによって生体工学が飛躍的な進歩を遂げた。しかし、新技術はすべて軍事転用され、新たな軍拡競争の時代が幕を開ける。現代生体工学の最高傑作にして最強兵器「ヴァンガード」が、この競争に幅広く投入される。圧倒的な戦闘能力を持つヴァンガードだが、体内のナノマシンの影響で寿命は著しく短縮。多くのヴァンガードは数年で退役するのが常であった。 主人公・琉璃も、長きにわたる任務で寿命を大きく消耗していた。残された寿命はわずか380日。そんな彼女に新たな任務が下る――民間施設に囚われた人質の救出。殺戮と戦闘しか知らないヴァンガードの琉璃にとって、困難な任務であることは明らかだった。それでも彼女は従順に任務を受諾する。 任務執行中、琉璃は人質を拘束する男が元ヴァンガードであることを知る。元ヴァンガード・周仲栄は涙ながらに政府に対し、「エデンの息子」の引き渡しを要求する。ヴァンガードとして、琉璃は周に強い嫌悪感を抱く。ヴァンガードの名を汚す者を排除すべく、二人のヴァンガードによる戦いが始まる……