理性の象徴であるブルーワールドは、本能の象徴であるレッドワールドより現れるナイトフライ・オノートと呼ばれる生物に絶え間なく襲われていた。ブルーワールドの研究員である17歳の主人公・アスラギ・アカリは、石垣島と西表島からなる誇り高き防衛施設・琉球LAGの戦争指揮官に任命される。彼女が出会うのは、第四部隊が全滅する激戦から四年後に結成された第六戦闘部隊「IS」。アカリは、スカーレッドライダーゼクスとも呼ばれる六人のライダーを率い、彼らとの絆を深めながら、異世界との戦いに臨まねばならない。