「百花繚乱 サムライブライド」の第二期。 将軍・徳川慶彦による学園統制が強まる中、真田幸村らは「戦国権現」の覚醒を目指し、新たな戦いに挑む。柳生道場を守るため、そして仲間との絆を深めるため、少女剣士たちは己の力と想いを研ぎ澄ませていく。だが、慶彦の真の目的と、彼を操る謎の存在が、戦いの行方に暗い影を落とし始める。