1941年、蘇鉄玄蕃敗北から一年後。帝国華撃団・花組隊長、大神一郎は極秘任務のため東京を離れ、代わりに隊長代理を務めることになった天宮さくらたち花組。そんな中、大神はヨーロッパでの事件をきっかけに、クラーラ・M・ルジコワというロシア人少女を連れて帰還し、花組に預ける。しかし、モスクワ華撃団隊長、ヴァレリー・カミンスキーがクラーラを連れ戻すために東京へと派遣され、花組は彼を阻止しなければならなくなる。