「ラビリンス」は、地下深くに広がる空間であり、人々は「コロニー」と呼ばれる集落で暮らしている。長い年月を経て、地表は遠い記憶となり、その存在すら、未だその驚異を体験したことのない者たちにとっては、もはや空想の産物でしかない。 苛酷な地下環境の中で人類の存続を確かなものとするため、コロニーの住民たちは様々な専門職に就く。貴重な鉱石を採掘しコロニーの動力源を確保する「ワーカー」、驚くほど豊かなラビリンスの環境を調査し、踏破に役立つ情報を持ち帰る「マーカー」などだ。しかし人類は、その存続を脅かす存在にも直面している。それは「怪獣」と呼ばれる生物で、その大きさは小さな子供ほどのものから巨大な建造物に匹敵するものまで様々。彼らは人間を見れば敵意をむき出しに襲いかかる。さらに、十分に巨大な怪獣はコロニーにすら強引に侵入し、その脅威を増大させる。 メメンプーは9歳の大学卒業生で、彼女の発明は地元コロニーのワーカーたちに大いに貢献してきた。しかし最近、彼女は岩盤に覆われていない、果てしなく続く天井のある場所を夢に見るようになる。この憧れが、彼女をマーカーになりたいという思いへと駆り立てる。そんな幻想的な場所を求めて、ラビリンスの広大な未知を探索したいのだ。父親のガガンバーの強い反対にもかかわらず、ある怪獣との出来事をきっかけに、危険で刺激に満ちた冒険が始まる。それは確実に、人類の歩む道を永遠に変えることになるだろう。