西暦2034年。草薙素子が公安9課を去ってから2年が経過した。現在、課の新リーダーとなったトグサの下、隊員数は大幅に増強されている。拡大された新生9課は、複雑怪奇な事件の連続に直面し、調査により一連の事件の背後に「人形使い」と呼ばれる超一流ハッカーの存在が浮かび上がる。 そんな中、独自のルートで事件を追っていたバトーは、素子と邂逅する。彼女は「ソリッド・ステート・ソサエティには近づくべきではない」と告げ、去っていく。バトーは疑念を抱かずにはいられなかった。素子が人形使いなのか？ 9課が直面する不可思議な事件群は、やがて芸術的なまでに連鎖し始める。人形使いの正体は？バトーと素子の関係はどうなる？周到に計画された完全犯罪の全貌は？そして結末は？謎はソリッド・ステート・ソサエティを巡って深まっていく…