「個別の11人」事件を軸に、『攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG』のテレビシリーズを再構成した劇場編集版。難民問題を巡る政府と独立派の対立が激化する中、公安9課は「個別の11人」と呼ばれる謎のテロリスト集団の調査を開始する。彼らの犯行声明には、プロテスタントの過激派「インディビジュアル11」の思想が引用されていた。やがて、ネット上に蔓延るその思想は、現実世界に予測不能な影響を及ぼし始める。