物語は『蒼穹のファフナー』の一年前、絶えず姿を隠し人類軍とフェストゥムの追跡を逃れてきた龍宮島が、フェストゥムに発見される危機に直面しようとしていた。 戦う準備が整っていない龍宮島は、フェストゥムに発覚する危機を回避するため、「L計画」を実行することを決める。それは島の一部、アルヴィスの左翼部分をL艦として分離し、2ヶ月間の航海に出ることで、敵にこれを龍宮島と誤認させ、本島を守るというものだった。 こうして、将陵僚と生駒祐未ら8人の少年少女は、L艦に乗り込み、フェストゥム兵器ファフナー「タイタンモデル」を駆って、フェストゥムとの過酷な戦いに身を投じていく……