リムガルド王国で、二体の謎の巨大ロボットが決闘を開始し、彼らが消える前にほぼ全ての人間の命が消し去られた。それから12年後、エナストリアの若き女帝ユインシール・アステリアは、自らの権威と国民の支持を維持するために尽力していた。しかし、リムガルドの生存者たちが到着したことで、エナストリアの平和は脅かされる。彼らは「レガリアギア」と呼ばれる巨大ロボットを装備し、ユインシールの義理の妹レナを探していた。レナは、単なるレガリアギアの使い手ではなく、巨大ロボットへと変身できる人間「レガリア」そのものであり、リムガルド崩壊の真の原因であったことを明かさざるを得なくなる。 突如として国際的な争いに巻き込まれたユインシールは、レナの力を悪用しようとする者たちから妹を守りながら、国の安全を保たねばならない。しかし、妹のために戦うことで、ユインシールはかつてリムガルドを滅ぼしたのと同じ災厄を引き起こす危険を冒すことになる。この危機的状況の中、二人の少女は自らのためだけでなく世界の安全のためにも戦い、絆を極限まで試されていく。